En 1580, Guillermo de Orange, en su Apología, hizo una acusación sin precedentes al monarca Felipe II, imputándole por escrito la muerte de su propio hijo, el príncipe Carlos, algo que jamás se ha probado que fuera verdad. Según Guillermo, Felipe eliminó al príncipe para asegurarse una dispensa papal y así contraer matrimonio con su sobrina Ana de Austria, a quien desposó en cuartas nupcias. Para consolidar esta unión, el rey tenía que deshacerse de dos personas que obstaculizaban sus planes: su esposa Isabel de Valois y el príncipe heredero. Esta acusación de parricidio minaba la legitimidad de Felipe II, presentándolo no solo como un padre despiadado, sino también como un monarca dispuesto a sacrificar a su propia familia por sus ambiciones políticas.
La historia del príncipe de Orange sobre el presunto asesinato de Carlos resonó en la época, pero tomó un giro distinto casi un siglo después con la novela histórica Dom Carlos, publicada en 1673 en Ámsterdam por el abad de Saint-Réal, César Vichard. En este relato, Saint-Réal se encargó de plasmar al príncipe Carlos como un héroe trágico, un joven lleno de ideales que simpatizaba con la causa de los rebeldes flamencos. Inspirado en su abuelo, el emperador Carlos V, Saint-Réal sugiere que el príncipe heredó un supuesto apego por la causa protestante que ya simbolizaba el emperador. Así, Carlos pasa a ser la última esperanza de los protestantes en una España dominada por el autoritarismo de su padre.
Antes de que Saint-Réal publicara Dom Carlos, otros personajes influyentes, como el secretario real Antonio Pérez y Pierre de Brantôme, ya habían contribuido a extender la leyenda sobre el asesinato del primogénito de Felipe II. Sin embargo, fue Saint-Réal quien, según el historiador Joseph Pérez, consiguió universalizar la historia del parricidio. Esta obra, a su vez, inspiró otras adaptaciones de la misma historia: en 1676, el drama en verso de Thomas Otway Don Carlos, príncipe de España; en 1787, la versión de Friedrich Schiller, que sería la base para la ópera de Giuseppe Verdi, Don Carlos, estrenada en 1867 en París, en presencia de Napoleón III y de Eugenia de Montijo, y alcanzando con los años un éxito formidable. Una versión revisada fue estrenada en la Scala de Milán en 1884. Cada arreglo de esta trágica historia añadió nuevas falsedades, pero todas conservaron el trasfondo oscuro de la traición familiar y el conflicto religioso que rodeaban a la figura del príncipe.
La obra de Saint-Réal tuvo un éxito enorme no solo por su morbosa narrativa, sino también porque contaba con todos los elementos de un melodrama shakespeariano. En ella, el príncipe Carlos es retratado como el último bastión de los ideales de su abuelo, pero también como un joven profundamente idealista y apasionado. La trama gira en torno al amor prohibido que el príncipe siente hacia la hermosa Isabel, la tercera esposa de Felipe II y su madrastra, quien, en esta versión, corresponde a los sentimientos de Carlos. Este romance fatal intensifica el conflicto, convirtiendo la historia en una tragedia donde el destino del príncipe parece estar inevitablemente sellado.
En el relato, Felipe II, tras descubrir la relación amorosa entre Carlos e Isabel, toma una decisión tajante: ordena que el príncipe sea juzgado por la Inquisición. La presencia de esta institución en la narrativa refuerza la percepción de una monarquía española opresora y cruel, que es incluso capaz de utilizar al Santo Oficio para sofocar cualquier amenaza a su poder. La condena de Carlos se convierte así en símbolo de la represión y de la falta de libertad. Finalmente, el príncipe, condenado a muerte, recibe la opción de elegir su forma de morir, y, en una escena final cargada de simbolismo, decide cortarse las venas en el baño mientras contempla una miniatura de Isabel, consolidando su papel de mártir romántico de una causa imposible.
Isabel de Valois, siempre según el relato de Saint-Réal, también se convierte en víctima del rencor y celos de Felipe II. Tras la muerte de Carlos, el rey intenta envenenar a su esposa, quien finalmente fallece dando a luz a un bebé muerto. Afirma el historiador Ricardo García Cárcel:
«La obra de Saint-Réal se convirtió en el gran cajón de sastre donde concluyeron todos los relatos previos sobre Don Carlos y, desde luego, ha sido la cantera de todas las pintorescas imágenes que se han trazado después sobre el príncipe».
La tragedia del príncipe y el enfrentamiento con su progenitor se perpetuaron en el imaginario cultural europeo, dejando una huella que la literatura y la música continuaron explorando a lo largo de los siglos.